17世紀、江戸初期。宣教師フェレイラが日本で棄教したと聞き、フェレイラの弟子の若き宣教師ロドリゴとガルペは、日本人キチジローの手引きで、マカオから長崎にたどり着く。幕府による激しいキリシタン弾圧の嵐が吹き荒れる中、ロドリゴらは隠れキリシタン