fastq / fastaの操作ツール seqtk

seqtkはfastqをfastaに変換したり、相補鎖に変換できるツール。ランダムサンプリング機能ももち、de novo transcriptome解析でアセンブルに有利なリードデプスに間引くツールとして用いられることもある(ペーパー)。動作が非常に高速のため使いやすい。似たツールにseqkitがある。導入して機能をチェックしてみる。 イン…