de novo assemblyで得たRNAのコンティグをクラスター化して、非モデル生物のDEG解析を可能にする Corset

RNA seqデータをde novoでアセンブルすると、一般に同じ遺伝子のアイソフォームが区別され、それぞれを別々にアセンブルするため、似た複数のコンティグが生じてしまう( SNPまたはindelだけが異なるコンティグを繰り返し報告する)。付け加えて、こうしてできたコンティグが異なるアイソフォームを真に反映している保証も…