高カバレッジな細菌ゲノムのdenovoゲノムアセンブリツール HGA
デノボゲノムアセンブリにはgreedy strategy、string overlap graph、そしてde Bruijn graphの3つの主なアプローチがある。greedy strategyは、シードリードを選択し、最大のオーバーラップが可能になるまで貪欲に拡張していくことによって機能する。このアプローチは、SSAKE [論文より ref.1]、SHARCGS [ref.2]、VCAKE [r…
