地球に眠っていたスパークドールズを実体化させた太陽の異常爆発、ウルトラ・フレアが観測されてから１５年後。怪獣対策のため創設された防衛部隊、Ｘｉｏ（ジオ）所属の大空大地隊員がサイバー怪獣の実験を行っていたとき、怪獣が出現して暴れ出した。その時、大地のマルチデバイスから不思議な声が聞こえてきた。それに…