生物物理計算化学者の雛

以前に分子動力学シミュレーションの水モデルとしてTIP3Pモデルが最も良く使われていることを調べました。（分子動力学計算で使われる水モデルの構造と使用頻度） その時にも書きましたが、TIP3Pモデルには拡散係数が実験値より２倍以上大きいという欠点があります。 CHARMM力場はTIP3Pを前提にパラメータが決められている…