世界で一番美しい町といわれる水の都"アルトマーレ"。そこでサトシはこの町の秘宝"こころのしずく"を守っているポケモン、ラティアスとラティオスに出会う。しかし、その秘宝を怪盗姉妹・ザンナーとリオンが狙っていた。秘宝のちからで隠された封印が解かれた時、町は大水害に見舞われてしまう!