高校生探偵・工藤新一は、警察もお手上げの難事件を次々と解決するほどの頭脳の持ち主。ある日、幼なじみの毛利蘭と遊園地に遊びに行った時、黒ずくめの男達による怪しげな取引を目撃する。しかし、その仲間に見つかり謎の毒薬を飲まされると、薬の作用でなんと小学１年生になってしまう。困り果てた新一は、隣に住む発明…