時は22世紀。木星から現れた謎の侵略者達の脅威が地球に迫った時、民間企業のネルガル重工は、独自に大型新造戦艦・ナデシコを建造した。テンカワ・アキトは、幼い頃会った覚えのある少女を追って、機動戦艦ナデシコに出会う。ミスマル・ユリカとともに、木星からの侵略者と闘う事になったアキトと地球の運命は?