スパイダーマン、死す――スパイダーマンことピーター・パーカーの突然の訃報により、ニューヨーク市民は悲しみに包まれる。13歳のマイルス・モラレスもその一人――彼こそがピーターの後を継ぐ“新生スパイダーマン”だが、その力を未だに上手くコントロール出来ずにいた。そんなある日、何者かにより時空が歪められる大事故が…