時は西暦２０３０年。超高度ネットワーク社会で凶悪化するサイバーテロや電脳犯罪に対抗すべく、政府は非公認の超法規特殊部隊・公安９課（通称：攻殻機動隊）を組織した。そんなある日、公安９課に所属するトグサに刑事時代の同僚から一本の電話が入る。これは６年前発生した企業テロ事件「笑い男」事件につながるものだ…