“超能力″をカリキュラムとする学園都市に“魔術″を司る一人の少女が空から降ってきた。『インデックス（禁書目録）』と名乗る彼女の正体とは……!? あらゆる異能を打ち消す『幻想殺し（イマジンブレイカー）』を右手に持つ少年・上条当麻は、悲劇の運命にとらわれた少女を救うために戦う――！