spigot.ymlはSpigotを使用している時のみ作成されます。非常に細かい設定が可能ですが、大抵はデフォルトのままでも大丈夫でしょう。この記事ではSpigot 1.13.2で動作確認を行っています。バージョンによっては設定ファイルの設定項目が異なることもあるでしょう。