NDFの開発した新兵器により、人類は遂に怪獣の単独撃破に初成功する！ しかし、確かに倒されて死んだはずの怪獣が突如活動を再開！？ 怪特隊とNDFは連携して防衛作戦を展開するが、事態は刻々と悪化していく…。 不死身の怪獣の弱点を探る為、ソラトとサユキは北の永久凍土へと飛ぶ！！