大武山で野鳥や動物が大量に変死し、ハイキングの女性が山頂で怪獣らしきものを目撃したとの連絡を受け、フジ隊員がホシノ少年と共に現場におもむく。だが、調査中に亜硫酸ガスが発生し、怪獣ケムラーが出現する。イデ隊員はホシノ少年の助言に基づき、ケムラー撃退のための新兵器の開発を急ぐ！