特別任務を命じられたハヤタは、パリ本部から派遣されてきたアンヌ隊員と共にビートル機で出発する。その直後、東京の広範囲で通信網が乱れる事態が発生、ハヤタたちは行方不明になってしまう。ハヤタは地上侵攻を企む地底人たちのアジトで覚醒。地底人はウルトラマンを自分たちの尖兵に利用しようと画策していた！