ある夜、東京・晴海の埋立地に空から降ってきたのは、超重量級の怪獣だった。スカイドンと命名された怪獣を、科特隊は様々な作戦を駆使して討伐しようとするがどれもうまくいかず、ウルトラマンですら手を焼く。寝てばかりいるスカイドンを、紆余曲折の末にようやく宇宙へ飛ばすことに成功し、無事解決と思われたが……。