宇宙のウルトラゾーンをパトロール中にイデとアラシは怪獣墓場を発見する。これまでに戦ってきた怪獣たちの供養を行っていた矢先、日本初の月ロケットが、怪獣墓場に漂っていた怪獣シーボーズを引っ掛けて地上に落下した。シーボーズを怪獣墓場へ帰すため、科特隊はロケットに乗せて打ち上げることを計画する。