世界的な異常気象の中、しばらく出現していなかった怪獣たちが一斉に目を覚ました。東京湾を蹂躙するタッコングとザザーンを迎え撃つのは、怪獣攻撃隊ＭＡＴ（マット）である。街の人々が逃げ惑うなか、レーサー志望の青年・郷秀樹は逃げ遅れた少年と子犬を救出するが、彼自身が命を落としてしまい……