ジーンはジャックを助けようとして、ゴーデス細胞に侵され昏睡状態におちいっていた。同じころ、オーストラリアの砂漠地帯の地下に世界中に散らばっていたゴーデス細胞が集結、復活しようとしていた。UMAはゴーデスの存在に気づくものの、アーミーのブリューワー将軍の特殊部隊に基地を制圧されてしまう。