参謀となったフルハシの下、ウルトラ警備隊極東基地に新隊員たちが着任した。一方、モロボシダンは前の戦いで記憶を失い、遺跡発掘をしながら地球人として日々を過ごしていた。時を同じくして、テクノシティで大勢の人間が記憶を失う事件が発生。事件には謎の植物が関係しているらしいのだが…。