ある日突然海から魚が消えた。大自然の神秘か、ダークマターによるアンバランス現象なのか、調査に向かうカグラ隊員が出会った男は謎めいた言葉を発する。そして、死の海から巨大怪獣が出現する。男の言葉は、破滅への予言なのか？神出鬼没の怪獣の正体とは？