リドリアス保護での活躍を認められたムサシはＴＥＡＭ　ＥＹＥＳに入隊する。謎の光「カオスヘッダー」の影響で、怪獣ゴルメデが出現した。ＥＹＥＳは怪獣の捕獲を試みるが失敗。怪獣を処分しようとするが……。