新たな敵カオスウルトラマンカラミティの出現に、傷つき倒れるコスモス。しかし、ムサシの想いが隊員たちの闘志を燃え上がらせ、彼らはカラミティの動きを封じるための酵素・カオスキメラの人工培養に乗り出す！