トレジャーベースがカオスヘッダーに乗っ取られ、鏑矢諸島から怪獣たちが姿を消した。決着をつけるべく、コスモスは月面での戦いに挑む。そこで明かされる驚愕の事実とは。人類の命運を懸けた、最後の戦いが始まる。