気持ちをひとつにできない兄・カツミと弟・イサミの兄弟ウルトラマンと、怪獣に変身した美剣サキの戦いは、両者傷を負って決着が付かず終わる…。しかしその直後、突如サキが兄弟の住む「クワトロＭ」を来訪。力を合わせて地球を救おうとカツミが提案するも、まったく取り合わないサキは、なんと彼らの母、湊ミオの失踪につ…