北川市沿岸に怪獣の死骸が漂着した。直ちにGUTSによる処理が開始されるが、作戦は失敗。なんと生命反応の無いまま怪獣は復活を遂げる！怪獣を葬るには焼却するしかない。ムナカタ副隊長は次々と作戦を立案、不死身の怪獣に立ち向かった・・・。