アスカとナカジマが、生物工学研究所でハネジローとの再会を喜んだ直後、研究所のオオトモ博士がハネジローと共に失踪してしまった。博士が消息を絶った海域に向かったアスカたちは、地図にも載っていない島を発見、二大怪獣の激闘を目撃する…！