宇宙人の集会が行われているとの知らせを受け、調査に赴いたナカジマは、神社にそびえる伝説の「ジャギラの樹」に、ゴッドジャギラを生み出すための秘密が隠されていた事を知る。そして通報者でもあり、彼の大学時代の恋人だったノリコにも、重大な運命が秘められていた…！