街に現れては様々な怪獣を倒して去る、という行動を繰り返す謎の怪獣・ネオメガス。カイザキ副隊長は、その真相を究明しようと奮闘するのだが、その中でかつての恩師の言葉を思い出す。その言葉に秘められた恐るべき真実がカナタたちGUTS-SELECT、そしてウルトラマンデッカーの前に立ちはだかる！！