ゲバルガによるネットワーク汚染が拡大する中、SKaRDは新たな作戦を立案。ゲントは、ゲバルガとの戦いでまたしても自身の意と反する行動をとったブレーザーに対し、不信感を覚え、ストーンを自身のロッカーに置いて作戦に挑むことに。そうしてSKaRDは、開発部や特殊部隊と協力した一大作戦を決行する。