TrinityアセンブリとTrinotateのアノテーション情報からGOseqによるGO enrichment解析を行うrun_GOseq.plスクリプト
TrinotateとGOseq、Trinityのスクリプトを組み合わせることで、遺伝子セット間の機能的エンリッチメント解析を行うことができる。Trinityのマニュアルに習い、使い方を確認しておく。 インストール ubuntu18.04でtrinityの仮想環境を作ってテストした。Rのバージョンは4.1.1。 依存 R edgeR, limma, DESeq2, ctc, Biobase,…
