あらゆる怪事件に対処する特別チーム・科学特捜隊のハヤタ隊員は、パトロール飛行中に謎の赤い球と衝突。その正体はM78星雲から来た宇宙人・ウルトラマンだった。 衝突事故で命を落としたハヤタに、ウルトラマンは自らの命を与え、地球の平和のため働きたいと提案する。 かくして、一心同体となった彼らは、平和を脅かす怪…