指定宗教法人の清算について定めた文化庁の指針には、2649件のパブリックコメント（意見公募）が寄せられた。文化庁によると信者の「信教の自由」に配慮するよう求める声が多く、現在唯一の指定宗教法人となっている世界平和統一家庭連合（旧統一教会）がウェブサイトで展開している主張と類似する意見が目立った。