突如東京を襲った「大災厄」によって23区の半ばが壊滅。被災地は治安悪化を理由に封鎖区域指定された。それが「東京第十三区」である。四年後、第十三区からただひとり生還した高校生のハルは下校途中、日本刀を振るう大男と銃器を乱射する特殊部隊との戦いに巻き込まれた。その最中、戦いの元となった一振りの刀を手にし…