yumでDBが壊れた場合はrpm --rebuilddbでDBを再作成する。 - Qiita

EC2を何度か再起動した時にネットワークは出られているがyumができないイベントに遭遇したので備忘 発生事象 # yum install error: rpmdb: BDB0113 Thread/process 1162/28147...