ソニックの宿敵 Dr.エッグマンに強力な助っ人「シャドウ」と「ルージュ」が加わり、全世界に対して降伏勧告。ソニックたちHEROサイドとDr.エッグマンたちDARKサイドの史上最大のバトルが始まる。世界を制すのは光か影か！？