１８世紀、北米。恐れを知らない若きアサシン、シェイ・パトリック・コーマック。彼はフランスとネイティブアメリカンの戦争に巻き込まれてゆく。任務により大災害を引き起こしてしまったシェイはアサシン教団に背を向け、教団は彼に刃を向けた。裏切られ、向かって来るものを退けるシェイは、いつしか最も恐れられるアサ…