人工知能レッドクイーンとの戦いに敗れ、瓦礫の中で独り目を覚ましたアリス。そんな彼女の前に廃墟のコンピューターを通じてレッドクイーンが現れ、48時間以内に人類は滅びること、そしてそれを食い止める方法を告げる。敵からの思いがけない言葉に半信半疑のまま、アリスはラクーンシティへと向かう。　滅亡へのタイムリ…