亡き父から届けられた眼魂（アイコン）を手に眼魔（ガンマ）との戦いに敗れたタケル。しかし、生死のはざ間で出会った仙人の力で現世に舞い戻ったタケルは、眼魂と仙人に預けられたドライバーで仮面ライダーゴーストに変身！彼に残された時間は99日。その間に、15個の英雄の眼魂を集め、タケルは生き返ることが出来るのか…