マサラタウンに住む少年サトシは、ポケモントレーナーになる資格を得ることができる10歳の誕生日を迎えていた。仲間となるポケモンをもらうはずが、サトシに残されていたのは、人間に懐こうとしない、ピカチュウだった。ぶつかり合いながらも、少しずつ友情を深めていくふたりは、旅立ちの日に空を飛んでいた伝説のポケモ…