かつてルシフェルと呼ばれる白き巨人と人類に味方するデウスエクスマキナと呼ばれる鋼鉄の巨人が争い、人類側の鋼鉄の巨人が勝利した世界。毎日不思議な夢を見る少年はある日、かつての巨人によく似た巨人兵器をある一人の人間が自身の感情に任せて使われるのを見てしまう。そして少年もまた、かつての巨人に良く似た巨人…