幕末の庄内、海坂藩。下級武士・井口清兵衛は妻に先立たれ、2人の幼い娘と老母の世話をするために、勤めが終わるとすぐに帰宅することから“たそがれ清兵衛”と呼ばれていた。ある日、かつて想いを寄せていた幼なじみ・朋江の危難を救ったことから剣の腕が噂になり、上意討ちの討ち手として清兵衛が選ばれる。清兵衛は藩命に…