突如世界に出現した異形の怪物達によって、世界は崩壊の時を迎えた。元教会騎士の隊長であるグランディスはとある事件をきっかけに、神の使徒と呼ばれるネピリムの少年イストと共に、怪物の発生を止める為、発生の原因となっている北の大陸の古代遺跡へ向かう事となる。