かつて街を襲った正体不明の敵・アンノウンの再来に備え、「超進化鉄道開発機構」通称「ERDA（エルダ）」は秘密裏に新幹線が変形するロボット「シンカリオン」の開発を進めていた。 そんな中、10年ぶりに突如アンノウンが出現。適性値を持った少年たちがシンカリオンの運転士となり、未知なる敵に立ち向かう！