新幹線超進化研究所は「漆黒の新幹線」が生み出す巨大怪物体から日本の未来を守るため、「新幹線変形ロボ シンカリオン」を開発した。シンカリオンとの高い適合率を持つ子供たちが運転士となり、研究所員たちと力を合わせて強大な敵に立ち向かう！