なんてことない普通の主人公・いろはが入学したのは、暗号を解いて解いて解きまくるスパルタ学校――暗号学園！迫りくる暗号ラッシュに息も絶え絶えのいろはだったが、そこに凍という謎の人物が現れ、これまた謎の眼鏡を託す。実はこの眼鏡にはとんでもない謎が秘められており...。