「私立ユーカリの葉学園」に入学した新一年生・猫田悠一くん、部活は何にしようか思案中、不可解なクイズと不思議な美少女に出くわす。彼女の名は蟻ケ崎千歳、『放課後ひみつクラブ』の部長と名乗る。学園の隠された謎を解き明かすのが使命なんだとか…。何か放っておけない気持ちになった猫田くんは入部を即決、真実を求め…