幼くして両親を失ったピーターは、大学進学と同級生のメリー・ジェーンへの恋に悩む普通の高校３年生。だがある日、遺伝子を組み替えた特殊なクモに偶然噛まれたことから、超人的な能力を身につける。愛する者たちを守るために、ヒーローとなる宿命を背負ったピーター＝スパイダーマンの戦いが今、始まる！