[アップデート] EC2 インスタンスの無停止でのルートボリューム置き換え時に任意の AMI を復元のソースとして指定可能になりました! | DevelopersIO

別のインスタンスでパッチ適用を済ませ、そのインスタンスの AMI を指定してルートボリュームを置き換える、ということができます。